Ir al menú de navegación principal Ir al contenido principal Ir al pie de página del sitio

Vol. 12 Núm. 2 (2022)
Julio-Diciembre

Artículos

Optimización de un método de extracción de ADN utilizando Subepidermis de Austrocylindropuntia y Opuntia-Opuntioideae

https://doi.org/10.19053/20278306.v12.n2.2022.15273

Publicado 2022-08-15

Leidy Yanira Rache-Cardenal
Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia, Tunja

Adriana Sofía Albesiano-Hoyos
Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia, Tunja

Hamidou Tall
Institut Sénégalais de Recherches Agricoles (ISRA), Dakar

Resumen

La identificación taxonómica de especies mediante análisis de variación de secuencias de ADN ortólogas, complementan la información obtenida con caracteres morfológicos. Estudios citogenéticos muestran taxones poliploides en la subfamilia Opuntioideae, Opuntia ficus-indica, contribuyendo a la variabilidad morfológica en los individuos de una población, e influyendo en la correcta identificación de las especies. Sin embargo, las longitudes de las secuencias en Opuntioideae están afectadas por la extracción de ADN puro. Se evaluaron y modificaron diferentes métodos de extracción y se estableció un procedimiento para obtener ADN de buena calidad, libre de inhibidores para amplificación de genes por reacción en cadena de la polimerasa. Las relaciones A260/A280 y A260/A230 variaron entre 1.6 a 2.1, revelando ausencia de contaminación con el protocolo modificado para la extracción de ADN a partir de hojas de algodón. Este método es de bajo costo comparado con los de casas comerciales y, por lo tanto, se puede aplicar en estudios con recursos limitados.

Palabras clave

biotecnología;, cactaceae;, mucílago;, secuenciación Sanger

PDF XML

Biografía del autor/a

Leidy Yanira Rache-Cardenal

Bióloga, Doctora en Ciencias Biología

Adriana Sofía Albesiano-Hoyos

Bióloga, Doctora en Ciencias Biológicas

Hamidou Tall

Cadre Supérieur Technique en Ucad Dakar, Doctor of Phytopathology

Referencias

  • Abraján, V. M. A. (2008). Efecto del método de extracción en las características químicas y físicas del mucílago del nopal (Opuntia ficus-indica) y estudio de su aplicación como recubrimiento comestible. Universidad Politécnica de Valencia. https://doi.org/10.4995/THESIS/10251/3794 DOI: https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/3794
  • Abraján, V. P. M. (2007). Evaluación de tres métodos de secado para la extracción y recuperación del gel de tuna (Opuntia subulata) (Tesis de grado). Escuela Superior Politécnica de Chimborazo.
  • Albesiano, S., & Terrazas, T. (2012). Cladistic analysis of Trichocereus (Cactacea: Cactoideae: Trichocereeae) based on morphological data and chloroplast DNA sequences. Haseltonia, 17, 3-23. https://doi.org/10.2985/1070-0048-17.1.2 DOI: https://doi.org/10.2985/1070-0048-17.1.2
  • Barbosa, F. dos A., Barbosa, A. da S., Medeiros, G. D. A., Andrade, A. P. de, Rẻgo M. M. do, Silva, J. H. C. S. (2020). Genetic variability in populations of Pilosocereus catingicola (Gürke) Byles & Rowley subsp. salvadorensis (Werderm.) Zappi (Cactaceae). Research, Society and Development, 9 (8), 1–23. http://doi.org/10.33448/rsd-v9i8.5521 DOI: https://doi.org/10.33448/rsd-v9i8.5521
  • Cardeño-Londoño, E., & Rodríguez-Herrera, M. P. (2020). Biología reproductiva de tres especies vulnerables Mammillaria columbiana, Opuntia pittieri y Opuntia ficus-indica Cactaceae en Boyacá, Colombia (Tesis de grado). Universidad de la Salle, Colombia. https://ciencia.lasalle.edu.co/biologia/82/
  • Cota-Sánchez, J. H., Remarchuk, K., & Ubayasena, K. (2006). Ready to use DNAextracted with a CTAB method adapted for herbarium specimens and mucilaginous plant tissue. Plant Molecular Biology Reporter, 24, 161–167. https://doi.org/10.1007/BF02914055 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02914055
  • De la Cruz, M., Ramirez, F., & Hernández, H. (1997). DNA isolation and amplification from cacti. Plant Molecular Biology Reporter, 15, 319–325. https://doi.org/10.1023/A:1007428818078 DOI: https://doi.org/10.1023/A:1007428818078
  • Dellaporta, S. L., Wood, J., & Hicks, J. B. (1983). A plant DNA minipreparation: version II. Plant Molecular Biology Reporter, 1, 19–21. https://doi.org/10.1007/BF02712670 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02712670
  • Dennis, E. S., Ellis, J., Green, A., Llewellyn, D., Morell, M., Tabe, L., & Peacock, P. W. (2007). Genetic contributions to agricultural sustainability. Philosophical Transactions of the Royal Society Biological Sciences, 363, 591-609. https://doi.org/10.1098/rstb.2007.2172 DOI: https://doi.org/10.1098/rstb.2007.2172
  • Díaz, C. B., Gómez, F. R. L., Rosas-Espinoza, V. C., Pérez, V. L. I., & Castro-Félix, P. (2006). Obtención de ADN de cactáceas: comparación de dos métodos de extracción en Ferocactus histrix. Avances en la Investigación Científica en el Cuba, 19, 123–130.
  • Doyle, J. J., & Doyle, J. L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus (Madison), 12, 13–15.
  • Falcón, L. I., & Valera, A. (2007). Extracción de ácidos nucleicos. En L. E.Eguiarte, V. Souza, X. Aguirre (Eds). Ecología Molecular (pp. 499-515). Instituto Nacional de Ecología, Conabio, México.
  • Fehlberg, S. D., Allen, J. M., & Church, K. (2013). A novel method of genomic DNA extraction for Cactaceae. Applications in Plant Sciences, 1(3), 1–4. https://doi.org/10.3732/apps.1200013 DOI: https://doi.org/10.3732/apps.1200013
  • Guillemaut, P., & Maréchal-Drouard, L. (1992). Isolation of plant DNA: a fast, inexpensive, and reliable method. Plant Molecular Biology Reporter, 10, 60–65. https://doi.org/10.1007/BF02669265 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02669265
  • Guzmán, L. D., & Chávez, J. (2007). Estudio bromatológico del cladodio del nopal (Opuntia ficus-indica) para el consumo humano. Revista de la Sociedad Química del Perú, 73(1), 41–45.
  • Haymes, K. M. (1996). Mini-prep method suitable for a plant breeding program. Plant Molecular Biology Reporter, 14, 280–284. https://doi.org/10.1007/BF02671664 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02671664
  • Hoisington, D., Khairallah, M., Reeves, T., Ribaut, J. M, Skovmand, B., Taba, S., & Warburton, M. (1999). Plant genetic resources: what can they contribute toward increased crop productivity?. Proceedings of the National Academy of Sciences, 96, 5937–43. https://doi.org/10.1073/pnas.96.11.5937 DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.96.11.5937
  • Kalegowda, P., Chauhan, A. S., & Mysore, N. S. (2017). Opuntia dillenii (Ker-Gawl) Haw cladode mucilage: Physico-chemical, rheological and functional behavior. Carbohydrate Polymers, 157 (10), 1057–1064. https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2016.10.070 DOI: https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2016.10.070
  • Keb-Llanes, M., Gonzalez, G., Chi-Manzanero, B., & Infante, D. (2002). A rapid and simple method for small scale DNA extraction in Agavaceae and other tropical plants. Plant Molecular Biology Reporter, 20, 299a-299e. https://doi.org/10.1007/BF02782465 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02782465
  • Lorenzo, F. D., Silipo, A., Molinaro, A., Parrilli, M., Schiraldi, C., D´Agostino, A., Izzo, E., Rizza, L., Bonina, A., Bonina, F., & Lanzetta, R. (2017). The polysaccharide and low molecular weight components of Opuntia ficus indica cladodes: structure and skin repairing properties. Carbohydrate Polymers, 157, 128–136. https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2016.09.073 DOI: https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2016.09.073
  • Martínez-González, C. R., Ramírez-Mendoza, R., Jiménez-Ramírez, J., Gallegos-Vázquez, C., & Luna-Vega, I. (2017). Improved method for genomic DNA extraction for Opuntia Mill. (Cactaceae). Plant Methods, 13(82). https://doi.org/10.1186/s13007-017-0234-y DOI: https://doi.org/10.1186/s13007-017-0234-y
  • Mihalte, L. A., Sestras, R., & Feszt, G. (2008). Assessing genetic variability at different genotypes of cacti plants by means of RAPD analysis. Bull. University of Agricultural Sciences and Veterinary Medicine of Cluj-Napoca. Horticulture, 65 (1), 110–115. http://doi.org/10.15835/buasvmcn-hort:471
  • Mondragon-Jacobo, C., & Bordelon, B. B. (1996). Cactus pear (Opuntia spp. Cactaceae) breeding for fruit production. Journal of the Professional Association for Cactus Development, 1,19–35.
  • Mondragón-Jacobo, C., Doudareva, N., & Bordelon, B. P. (2000). DNA extraction from several cacti. Horticultural Science, 35(6), 1124–1126. https://doi.org/10.21273/HORTSCI.35.6.1124 DOI: https://doi.org/10.21273/HORTSCI.35.6.1124
  • Nobel, P. S., & Cavelier, J. (1992). Mucilage in cacti: its apoplastic capacitance, associated solutes, and influence on tissue water relations. Journal of Experimental Botany, 43, 641–648. http://www.jstor.org/stable/23694093 DOI: https://doi.org/10.1093/jxb/43.5.641
  • Pandey, R. N., Adams, R. P., & Flournoy, L. E. (1996). Inhibition of random amplified polymorphic DNAs (RAPDs) by plant polysaccharides. Plant Molecular Biology Reporter, 14, 17-22. https://doi.org/10.1007/BF02671898 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02671898
  • Paz-Guerrero, F., Casas, A., & Alvarado-Sizzo, H. (2019). Habitat fragmentation and population genetics of Stenocereus quevedonis (Cactaceae) in Michoacán, México: bases for in situ conservation of silvicultural managed genetic resources. Genetic Resources and Crop Evolution, 66(3), 633–643. https://doi.org/10.1007/s10722-018-00737-7. DOI: https://doi.org/10.1007/s10722-018-00737-7
  • Pérez, M. L., Tejera, F. F., Darias, M. J., Rodríguez, R. E. M., & Díaz, R. C. (2015). Physicochemical characterization of cactus pads from Opuntia dillenii and Opuntia ficus indica. Food Chemistry, 188(1), 393–398. https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2015.05.011 DOI: https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2015.05.011
  • Phillips, M. W., Astorga, D. C., & Quirós, S. O. (2003). Método 2X CTAB-minipreparaciones. Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE), Turrialba, Costa Rica.
  • Porras-Flores, D., Albesiano, S., & Arrieva-Violet, L. (2017). El género Opuntia (Opuntioideae-Cactaceae) en el departamento de Santander, Colombia. Biota Colombiana, 18(2), 111-131. https://doi:10.21068/c2017.v18n02a07 DOI: https://doi.org/10.21068/c2017.v18n02a07
  • Qiu, Y. K., Zhao, Y. Y., Dou, D. Q., Xu, B. X., & Liu, K. (2007). Two New alpha-pyrones and other components from the cladodes of Opuntia dillenii. Archives of Pharmacal Research, 30 (6), 665–669. https://doi.org/10.1007/BF02977624 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02977624
  • Rache-Cardenal, L. Y., Mora-Oberlaender, J., & Chaparro-Giraldo, A. (2013). Study of gene flow from GM cotton (Gossypium hirsutum) varieties in ‘El Espinal’ (Tolima, Colombia). Acta Biológica Colombiana, 18 (3), 489–498.
  • Raimundo, J., Gaspar, R. C. M., & Ribeiro, M. M. (2018). Rapid, simple and potentially universal method for DNA extraction from Opuntia spp. fresh cladode tissues suitable for PCR amplification. Molecular Biology Reports, 45 (5), 1405–1412. https://doi.org/10.1007/s11033-018-4303-8 DOI: https://doi.org/10.1007/s11033-018-4303-8
  • Realini, M. F., González, G. E., Font, F., Picca, P. I., Poggio, L., & Gottlieb, A. M. (2015). Phylogenetic relationships in Opuntia (Cactaceae, Opuntioideae) from southern South America. Plant Systematics and Evolution, 301(4), 1123–1134. http://doi: 10.1007/s00606-014-1154-1 DOI: https://doi.org/10.1007/s00606-014-1154-1
  • Rodríguez-Mendoza, C., Hernández, L., Pérez-Armendáriz, B., & Juárez, Z. (2021). Bacterias y hongos endófitos de la familia Cactaceae y sus aplicaciones. TIP. Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas, 24, 1-14. https://doi:10.22201/fesz.23958723e.2021.328 DOI: https://doi.org/10.22201/fesz.23958723e.2021.328
  • Rosas-Reinhold, I., Sánchez, D., & Arias, S. (2022). Systematic study and niche differentiation of the genus Aporocactus (Hylocereeae, Cactoideae, Cactaceae). Botanical Sciences, 1(1). http://doi: 10.17129/botsci.2893 DOI: https://doi.org/10.17129/botsci.2893
  • Rowland, L. J., & Nguyen, B. (1993). Use of polyethylene glycol for purification of DNA from leaf tissue of woody plants. Biotechniques, 14 (5),734–736.
  • Sambrook, J., Fritsch, E. F., & Maniatis, T. (1982). Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Sprin Harbor Laboratory, New York. http://doi.org/10.1016/0307-4412(83)90068-7 DOI: https://doi.org/10.1016/0307-4412(83)90068-7
  • Sánchez-Hernández, C., & Gaytán-Oyarzún, J. C. (2006). Two mini-preparation protocols to DNA extraction from plants with high polysaccharide and secondary metabolites. African Journal of Biotechnology, 5(20), 1864–1867.
  • Sánchez-Olaya, D. M., Rodriguez-Perez, W., Castro-Rojas, D. F., & Trujillo-Trujillo, E. (2019). Respuesta agronómica de mucilago de cacao (Theobroma cacao L.) en cultivo de maíz (Zea mays L.). Ciencia en Desarrollo, 10 (2), 43–58. https://doi:10.19053/01217488.v10.n2.2019.7958 DOI: https://doi.org/10.19053/01217488.v10.n2.2019.7958
  • Shedbalkar, U. U., Adki, V. S., Jadhav, J. P., & Bapat V. A. (2010). Opuntia and other cacti: applications and biotechnological insights. Tropical Plant Biology, 3, 136–150. https://doi.org 10.1007/s12042-010-9055-0 DOI: https://doi.org/10.1007/s12042-010-9055-0
  • Sue-Porebski, Grant-Bailey, L., & Baum, B. R. (1997). Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant Molecular Biology Reporter, 15, 8–15. https://doi.org/10.1007/BF02772108 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02772108
  • Wang, X. N, Felker, P., Burow, M. D., & Paterson, A. H. (1998). Comparison of RAPD marker patterns to morphological and physiological data in the classification of Opuntia accessions. Journal of the Professional Association for Cactus Development, 3: 3–14.
  • Yáñez-López, M. de L., Barbosa-Martínez, C., Serrato-Díaz, A., Balderas-Morales, A., Campos-Muñiz, C., Fernández, F. J., & Armella-Villalpando, M. A. (2016). Genetic relationships between varieties of Stenocereus pruinosus (Cactaceae) in the states of Puebla and Oaxaca, Mexico, by means of AFLP markers. Agrociencia, 50 (5), 595–601.

Descargas

Los datos de descargas todavía no están disponibles.

Artículos similares

También puede Iniciar una búsqueda de similitud avanzada para este artículo.